東莞與深圳亟待治理的跨界河流有石馬河（下游東莞境內為石馬河，上游深圳境內為觀瀾河）、茅洲河。為改善兩市界河、跨界河污染情況，目前東莞在石馬河流域規劃建設11座污水處理廠，投資6．20億元；配套截污管線總長147．5公里，投資8．40億元。現已建成6個生活污水處理廠和一批分散生活污水處理工程。至2009年底，石馬河流域全部污水處理廠及配套截污主干管網的建設將全部完成，并投入使用。屆時，東莞石馬河流域各鎮生活污水處理能力將達到62萬噸／日，流域內生活污水處理率達80％，實現近期石馬河流域生活污水處理率達75％的目標。茅洲河流域已有日處理10萬噸的三洲污水處理廠。
東莞市環保局有關負責人表示，該局認真貫徹落實《珠江三角洲地區改革發展規劃綱要》和珠三角九市現場會精神。近來更通過加快污水處理工程建設、完善畜禽養殖業整治、加強環境監督執法等工作切實改善了轄區內生活環境質量。
污水處理工程方面：今年年初該市就制定了重大產業項目和基建項目領導掛鉤督導制度，由市四套班子領導成員分別掛鉤督導。目前，34項污水處理主體工程中，已建成污水處理廠18家，還有16個項目正在積極建設過程中。
醫療廢物處理方面：東莞市醫療廢物處理中心建設正按計劃進行，目前已完成主體工程土建和大部分設備安裝調試。工程建成后，全市各類醫療衛生機構產生的醫療廢物將得到安全、有效處置。
畜禽養殖業治理方面：近年來，該市累計投入4．5億元，共清拆養殖場16268家，清理生豬212．5萬頭、家禽754．5萬羽。通過整治，河流黑臭現象明顯減輕，周邊環境景觀及環境質量明顯改善，大氣環境亦得到好轉。
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