近年來，在國家有關部門和地方各級政府的高度重視和共同努力下，我國城鎮飲用水水源保護工作雖然取得了一定成效，但形勢依然嚴峻。其中，跨行政區域飲用水水源保護不力是很重要的一項。如何搞好跨行政區域的水源保護工作，考驗著各地政府的環保能力和執政智慧。
由于我國目前實行的流域管理是以部門管理與行政區管理相結合的管理體制，飲用水水源流經區域互不隸屬，下游要想防止水源污染，就不可避免地牽扯到其他區域的既得利益。現實中，我們不難發現這樣的現象:各區域各管一段，執法部門“各敲各的鑼，各打各的鼓”，導致水污染防治因區域之間信息流通渠道不暢，無法形成有效的預警機制；各區域間執法力度松緊不一等，使得跨界水源保護問題成為難治之癥。究其原因，固然有缺乏環境意識的原因，更主要的還是因為動力不足，壓力有限。尤其是在一些地區，還存在著地方保護主義和GDP崇拜的現象，一些地方政府“睜一只眼、閉一只眼”，有的甚至配合企業應付上級部門的抽查。這樣一來，下游區域即使下大決心、花大力氣、投大本錢，仍然不能消除水污染的威脅。
破解跨區域飲用水水源保護難題，各級地方政府義不容辭、責無旁貸。要想水源流經的各區域密切配合、加強協作，形成齊抓共管、協調聯動的強大合力，就必須從建立完善法律制度入手，建立各地政府主導、相關部門分工負責的聯動機制和責任明確的追究機制。這需要一個過程，或許需要很長時間。在此之前，筆者建議，不如由雙方共同的上級政府職能部門負責，建立一個相對獨立和超脫于地方政府的管理機構，統一管理跨區域飲用水水源。
只有成立專門機構，才能更好地落實最嚴格的水資源管理制度，嚴格控制水污染物排放總量。同時，可以降低協調成本，防止流經區域的政府和職能部門之間推諉扯皮，提高執法效能；使水源流經區域水質監測信息實現“一條龍”，反應更加靈敏，便于有效防止水污染事件發生。
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